Sterilisasi adalah bebas dari kuman atau mikroorganisme hidup dalam melaksanakan pelayanan kesehatan gigi dan mulut memerlukan alat (instrumen) yang sudah dalam keadaan steril (bersih). Sterilisasi adalah suatu kegiatan yang dilakukan secara fisik yan dapat mematikan semua bentuk kehidupan mikroorganisme termasuk bakteri, virus, jamur dan juga spora yang menempel pada alat kesehatan. Tujuan dari sterilisasi alat kesehatan gigi dan mulut di RSGM TNI AL R.E. Martadinata adalah untuk menghindari penularan penyakit, alat dapat terpelihara dan dapat dipergunakan sewaktu-waktu.